Sohn des Josef Ignaz Xaver (29.7.1726 Luzern - 26.12.1796 Luzern, katholisch, von Luzern, Sohn des Alphons Anton, Grossrats, und der Anna Maria Rosa Gill) und der Maria Jakobea Balthasar. Bruder des Joseph von Pfyffer von Heidegg. Leutnant der königlichen Schweizergarde in Frankreich, danach 1783 bis 1789 Stadtschreiber in Willisau, 1789 bis 1798 in Luzern, 1805 bis 1822 Übersetzer der Staatskanzlei, 1814 bis 1822 Kantonsfürsprech im Amt Luzern. 1774 bis 1790 und 1807 bis 1814 Luzerner Grossrat, 1778 bis 1780 Vogt im Maggiatal. 1798 Volksrepräsentant und helvet. Senator, 18.4.1798 bis 29.6.1798 Mitglied des Direktoriums, nach der Resignation auf Druck von Jean-Jacques Rapinat wieder helvet. Senator, 1800 bis 1801 Gesetzgebender Rat. Ab 1795 Mitglied der Helvet. Gesellschaft, 1799 bis 1801 Redaktor und Herausgeber des "Freyheitsfreunds". Als entschiedener Republikaner war Alphons ein führender, aufgeklärter Reformfreund.
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